In het jaar 1570 werd het decreet van verdrijving van de Moren bevolen. Hoewel ontvolking de goede prestaties van de economie aantastte, waren de 16e en 17e eeuw over het algemeen relatief welvarend, zowel economisch als demografisch. Veeteelt is een van de belangrijkste activiteiten, terwijl de landbouw met het verstrijken van de jaren meer op de voorgrond zal treden, aangezien de demografische druk ervoor zorgde dat weiden en berggebieden werden omgeploegd om ze voor de landbouw te wijden. Met de nieuwe kolonisten kwam er een nieuwe stedelijke lay-out van de stad tot stand, waarin het raster rond een centraal plein de boventoon voert, hoewel de Arabische lay-out van de oude buurten blijft bestaan. Aan de andere kant worden hun domeinen omgezet in domeinen, onder de voogdij van de markies van Algarinejo. Na de herovering en tot 1578 behoorde Algarinejo toe aan Pedro de Montalbán.

Vervolgens werd hun land door de inquisitie in beslag genomen en als heerschappij verkocht aan Francisco de Lisón y Saorin, geboren in Montefrío. In 1614 werd Algarinejo opnieuw verkocht, door Felipe III, aan de zoon van Francisco de Lisón: Mateo de Lisón y Viedma. Deze laatste koopt voor 3.200 dukaten de civiele, strafrechtelijke en vazalrechtspraak van de toenmalige “cortijo de Algarinejo”.

De stad, die niet meer was dan een kleine kern van woningen, krijgt nu de status van zelfstandige gemeente. Het heeft een halve mijl land en een buurt van 117 inwoners, waaronder een gerechtsdeurwaarder, een raadslid en een koster. Onder de gebouwen valt het bestaan ​​van een parochiekerk op, gebouwd rond het jaar 1578, de datum waarop de eerste doopboeken begonnen, gevolgd door de verlovingsboeken in 1595.

In 1669 veranderde de gemeente Algarinejo weer van eigenaar en werd verkocht aan de kleinzoon van Mateo de Lisón y Viedma: Juan Femández de Córdova, eerste markies van Algarinejo. Vanaf deze datum tot het jaar 1693 had de stad Algarinejo (het kreeg de titel van stad in 1687) al 387 inwoners en twee mijlen en een kwart land. Het economische herstel dat Algarinejo in de 17e eeuw doormaakte, resulteerde in de oprichting van ambachtelijke fabrieken die verband hielden met het malen van granen, zoals emmermolens.

In 1680 waren er verschillende aardbevingen die de gemeente ontzet.